Az NFFT működését, operatív feladatainak ellátását öt fős Titkárság segíti. A Titkárság az Országgyűlés Hivatalában működik.

A szervezeti egység felelős vezetője a titkár, akinek személyére a Tanács elnöke tesz javaslatot, s ezt a Tanács tagjai szavazással erősítik meg. A Tanács a fenntarthatóság valamely területén jelentős tudományos vagy közigazgatási tapasztalatot szerzett személyt kér fel erre a feladatra. A Tanács alapító titkára Schmuck Erzsébet volt, 2010 decembere óta a titkári feladatokat Bartus Gábor, a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem tanára látja el.

Az NFFT a Titkárságon keresztül elérhető, intézi a Tanács kormányzati, társadalmi és nemzetközi kapcsolatait, gondoskodik a Tanács plenáris és munkacsoport üléseinek lebonyolításáról, szervezi az NFFT konferenciáit és más rendezvényeit, előkészíti a Tanács állásfoglalásait, szerkeszti a Nemzeti Fenntartható Fejlődési Keretstratégia előrehaladási jelentéseit, segíti a Tanács tagjainak munkáját.